Durante la observación del sedimento, las bacterias se pueden observar como partículas alargadas (bacilos) o redondeadas (cocos). Podemos encontrarnos bacterias móviles, con amplios desplazamientos por el campo visual, o inmóviles por sí mismas pero con movimiento browniano.
A simple vista no se pueden distinguir unas de otras, precisando el uso de tinciones como la de Gram.