Las levaduras pueden aparecer en la orina como pequeños óvalos refringentes con o sin brotes; también pueden presentar hifas. Los más frecuentes son los géneros Candida y Torulopsis.
No son frecuentes en individuos inmunocompetentes, en la mayoría de las ocasiones indicando contaminación vaginal en mujeres con vaginitis. En caso de inmunosupresión (VIH, tratamientos de radio/quimioterapia o enfermedades hematológicas), diabetes o manipulación de la vía urogenital, su presencia guarda relación con la enfermedad de base.
En ocasiones si se presentan aisladas pueden ser confundidas con hematíes. Para diferenciarlos se puede añadir ácido acético a la muestra para lisar los hematíes, permaneciendo intactas las levaduras.